在申報綜所稅時，以不用出門、在家上網就能報稅的「自然人憑證」最方便，因此每逢報稅季，到戶政事務所申辦人數就會大幅增加。內政部憑證管理中心表示，因應辦理人潮，各地戶政事務所都午休時間不休息，並加開夜間及假日時段為民服務。
自然人憑證有如個人的網路身分證明，提供網路報稅、電子公路監理報繳規費、勞農保及健保網路查詢…等各項業務。像是地政電子閘門、戶政網路申辦、中華電信電話費明細查詢、公司線上申辦、限制出國查詢...等，都能使用自然人憑證處理，是政府網路服務的基礎。
申辦自然人憑證，並不再限制戶籍地，也就是說不須回到原居住地的戶政事務所辦理。申請者須親自到場，由承辦人員核對身分及基本資料才能發放。所須文件包括身分證正本、個人e-mail信箱，費用為250元。可事先在戶政事務所網站預約，下載並填寫申請資料表，將節省不少作業時間。
臨櫃繳交申請資料後，承辦人員會列印IC卡接受確認書，申請者檢核內容無誤後，現場即可印製卡片，由憑證管理中心將電子資料寫入IC卡中，完成開卡手續，申請人領卡後即可使用卡片。
不過，自然人憑證有效期限只有5年，可展期延長3年，最多使用8年。在報稅前物必先檢查是否已到期，若憑證過期尚未展期，可採「線上展期」或「臨櫃展期」兩種方式處理。
前者至憑證管理中心網站下載展期軟體，安裝後即可使用；後者則須本人攜帶身分證與IC卡至各地戶政事務所辦理。要注意的是，無論是何時展期，都只從到期日起算展期三年，如104年5月1日到期，最多只延長效期至107年5月1日，之後仍須重新申辦。
內政部憑證管理中心提醒，為因應網路報稅期間自然人憑證大量申辦人潮，在5月底前，全國戶政事務所開放午休時間12:00至13:30受理民眾申辦；台北市、新北市、台中市、桃園市等地部分戶政事務所夜間延長至8時；新北市、台南市、高雄市、桃園市、新竹縣、彰化縣、屏東縣等部分地區，開放週六上午接受申辦作業。