高鐵地層下陷包含雲林地，相關用水遭討論。農委會農田水利處副處長胡忠一說，以雲林縣地層下陷嚴重的元長、土庫、四湖等三鄉鎮而言，去（103）年休耕地活化復耕面積約為850公頃，其中休耕田轉種水稻約175公頃、僅占21%，休耕田轉種用水較少的旱作675公頃、則占79%，估計增加用水454萬噸。
另一方面，103年時，上述三鄉鎮也推動了水稻轉旱作共計約790期作公頃，節約農業用水約514萬噸。
對比上述兩個政策推動後的用水量變化，103年耕作用水量是減少的，沒有增加。胡忠一強調，103年雲林地區地層下陷範圍擴增與休耕活化政策無關。
水利處補充，休耕地活化政策目的在提升國家的糧食自給率，以維護國家糧食安全；且100年起也推動「雲彰地區地層下陷具體解決方案暨行動計畫」，辦理農田轉旱作物措施，以節水節能、減緩地層下陷。