台北市政府廉政委員會指控馬英九總統在台北市長任內，於大巨蛋案議約過程中涉嫌圖利廠商，8日決議將馬總統移送法辦，總統府發言人陳以信駁斥，並質疑廉政會中負責調查的成員，一位曾是扁案律師，一位曾是謝長廷助理，一位曾是陳菊辦公室主任，政治立場非常清楚，使得調查結果給人高度政治性聯想。
陳以信說，這已經嚴重傷害廉政會與台北市長柯文哲的公正性與公信力，此絕非台北市民之福，柯文哲必須向台北市民提出解釋。
他表示，柯文哲上周就說過大巨蛋案「合法」，台北市府法務局長楊芳玲昨天也在台北市議會專案報告中，親口承認大巨蛋案「合法」，認為大巨蛋「合約本身合法性無問題」。既然身為委託人，而且是體制內的市長與法務局長都說「合法」，廉政會憑什麼還堅持要移送？體制外的廉政會今天非要移送檢調偵辦不可，不只是逾越體制「違法濫權」，根本還是「先射箭再畫靶」，刻意「政治迫害」入人於罪的舉動。
陳以信重申，大巨蛋案發展相關事實都很清楚，當時馬市長並未與趙藤雄董事長密會，也無密約，後來馬市府因遠雄變更協力廠商而主動廢約，如果不是行政院工程會三度撤銷馬市府的廢標決議，遠雄還向行政法院提出「假處分」不讓馬市府重新招標，後來大巨蛋怎會由遠雄興建？如此過程充分證明當年馬市府與遠雄絕對沒有合謀圖利的關係。
至於馬總統本人的回應，陳以信轉述，馬總統對此表示「強烈遺憾」。總統強調，擔任台北市長時，所作所為全是依法行政為台北市民福祉著想，從來不曾圖利任何廠商，可以接受外界最嚴格檢驗。
對於府方「政治迫害」的質疑，台北市副市長鄧家基否認說，現在的社會氛圍，不可能誰迫害誰。