金門縣動植物防疫所在今年3月下旬例行屠宰場監測中，發現有1頭牛屠體血液檢出口蹄疫陽性反應，追溯發現是來自飼養的176頭黃牛場，4月再抽15頭送驗，發現2頭抗體呈現陽性，其中1頭檢出A型口蹄疫病毒核酸反應。
農委會8日早上召開專家會議，確認這頭牛隻感染從未在台灣出現過的A型口蹄疫病毒，因此，將全面撲殺這處牛場的其餘175頭牛。農委會副主委王政騰說：『(原音)畜衛所在昨天第二度把它們的核酸再進行核酸序列分析，早上結果出來，所以應該專家會議也會確認這個案例。雖然病毒還沒有分離到，但是核酸既然已經確實存在，那就是案例。既然案例，當然這一場剩下的175頭要趕快撲殺，撲殺之後清潔消毒。』
農委會已在7日下令，金門的牛、豬、羊等生鮮產品禁止來台，旅客也不能攜帶，以防止病毒傳播，8日則擴大至偶蹄類相關加工產品，像是金門名產牛肉乾，一律禁止輸台。
在確認個案後，農委會也加強防疫，將針對金門偶蹄類動物畜牧場擴大監測，從周圍半徑1公里擴大至3公里，並將逐一採檢，確認有無感染病毒。至於台灣本島，也會提高戒備，減少人員流動並加強消毒。