公路總局說，高鐵雲林路段地層下陷造成橋梁差異沉陷，所以特別辦理台78線土庫路段（22公里573公尺至22公里840公尺）改建工程，主線橋梁工程4月已完工，9日將開放通車。
公路總局說，改建的路段原來是填土路堤，由於當地地下水位下降，造成地層下陷，加上高鐵橋墩重量負荷以及路堤本身的重量，使得高鐵跨越公路兩側的橋墩也出現差異沉陷，影響高鐵橋梁結構安全。
公路總局將原有的路堤土方移除減重約9萬2000公噸，改為鋼結構橋梁。改建工程包含一座3跨連續長240公尺鋼箱型梁橋及兩端路堤段，全長267公尺，寬度為29.8至33.3公尺，發包工程費約新台幣4.3億元。
公總局表示，改建路段減重後，地底下土層產生回脹相對於減重前的沉陷，使得對高鐵橋墩差異沉陷產生的角變量明顯縮小，而這項正面效益，可讓高鐵橋梁免於再做結構補強，並有效強化高鐵跨越橋的穩定性，提高橋梁結構及行車安全。
公路總局指出，國道1號、3號與台78線快速公路交會的系統交流道也都有高填土路堤路段，但是，並沒有因此造成跨越橋墩產生差異沉陷。