位於嘉義縣太保市魚寮聚落西側的遺址，入口處有一座嘉義縣政府興建的地標，是以當地出土的高腹圜底罐、球形豆等2種古物設計而成。
嘉義縣文化觀光局指出，魚寮遺址是1940年由嘉義農學校教職員吉田茂發現，並由日本學者鹿野忠雄命名，同時刊載於鹿野忠雄的學術著作中。
台灣光復後，魚寮遺址被劃歸為台糖蔗園，由台糖公司在遺址上種植甘蔗，因此被湮沒了半個多世紀，直到2003年縣府進行高鐵大道工程環境評估時，才再度受到重視。
縣文化觀光局表示，考古學者在魚寮遺址進行挖掘後，發現遺址有兩層不同的史前文化堆積，包括史前的灰坑、貝塚，以及豐富的文化遺物與生態遺留。
其中，遺址上層為大湖文化魚寮類型，出土文物以陶容器破片為主，還有錛鑿形器、石刀、矛鏃形器、石鋤、石鎚、砥石、玉玦、獸骨、貝殼等，經碳14年代測定，距今約2000年。
下層為繩紋紅陶文化牛稠子類型，在地表下約2.5公尺處出土的遺物，主要是零星的橙紅色繩紋陶片，經碳14年代測定，距今約4500年至3500年之間。
文化觀光局指出，魚寮遺址是嘉南平原新石器時代晚期的史前文化代表，縣府於2009年6月公告為縣定遺址；遺址地標有嘉義史前居民活動想像圖，彰顯遺址的歷史意義。