航空城範圍內的上百公頃陂塘，究竟會不會納入徵收範圍，中央與地方，又出現了不同聲音，去年中央核定的，航空城區段徵收計畫中，原僅有「蛋黃區」，第三跑道的4口陂塘，要納入徵收範圍被填平，雖然開發計畫排除多數陂塘，但附加了但書，保留與陂塘地主溝通的空間，而桃園市政府最近與水利會協調，傾向徵收所有陂塘當成公園，市府人員也表示，正與這些陂塘地主溝通當中。
航空城議題持續發燒，從要不要全區聽證，開發計畫會不會擴大，最重要的還有航空城周遭的陂塘，原先被排除徵收，現在又可能被納入徵收範圍，市議員呂林小鳳，在議會質詢時，就針對陂塘是否會納入航空城開發，提出質詢。
民進黨籍桃園市議員 呂林小鳳vs.桃園市地政局長 陳錫禎：「航空城計畫，現在限縮到什麼程度，然後對土地的徵收，它的整個的時程，會發生什麼樣的影響，跟議座報告一下，因為這個航空城，這個本身的都市計畫，我是認為沒有完成，因為它附帶了一個很大的條件，這個機場 水利會管的土地，要不要納入，因為這個內政部把它排除掉，那它附帶一個尾巴，叫我們去跟他溝通，那麼他願意的話就納進來嘛，所以說它航空城的開發範圍，以目前的狀況是增加的，不會縮減的，目前的狀況，你指的水利會，是針對那些池塘嗎？對！陂塘。」
對此，負責與水利會溝通的，桃園市副市長王明德指出，在航空城都市計畫審議階段，雖然沒有將陂塘納入徵收，但附有「需與水利會或地主協調」但書，針對航空城計畫內的，陂塘徵收問題，水利會強調不反對徵收，且一直是朝向共同納入徵收範圍，讓整個航空城開發計畫更完整。
桃園市副市長 王明德：「去跟他(水利會)溝通，立場就是說，我們一定要雙贏，把桃園市政府跟水利會，當作一個合夥伙伴，最重要就是說，航空城計畫假如成功的話，分配到產業專區，它價值還是很大，所以這樣立場來講，水利會覺得這樣是考慮方向。」
桃園水利會總幹事 黃金德：「從開始，自始就納入徵收範圍，水利會呢，是都委會要求跟水利會來協商，我們也提出，我們就希望政府依法行政，來保護我們水利會地主的權利，水利會的土地財產，是全體會員所有，所以水利會，全力依法來爭取航空城開發案。」
桃園市政府強調，桃園航空城內的陂塘，共23口陂塘 約127公頃，其中38公頃是私人所有，其它近百公頃都是水利會所有，市府經過與水利會協調後，傾向將全部陂塘納入徵收，未來作為公園用途，只是目前都還沒有定案，未來會如何徵收陂塘，市府將會持續和地主交換意見。