經濟部為協助傳統產業創新與升級轉型，自97年起推動「地方產業創新引擎啟動計畫」政策，食品所配合經濟部積極協助金門、馬祖、澎湖等離島縣市政府與業者，推動地方產業創新升級。又經濟部續於103年間因應全球自由化浪潮為協助產業創新發展，推動成立「產業升級轉型服務團」，並擴大針對金門、澎湖、馬祖及蘭嶼、綠島等離島成立「傳產離島分團」，由食品所主導並納入工研院、石資中心及中衛中心等法人之能量，共同協助離島產業創新升級。食品所透過歷年的輔導已促成金門業者投資超過新台幣1億元，並興建金門第一家肉品加工廠。創造總產值超過3億元，成為離島地區產業創新的範例。
食品所指出，以輔導金門產業為例，金門屬離島有著特殊的地理環境與歷史背景，導致當地之技術資源缺乏，技術發展也有較多的限制。金門特產一般都為家族式經營，少有企業化經營與管理，只有倚賴經驗的傳承，沒有品管與研發的技術能量，導致產品品質較不穩定，且較少有新產品的開發。因此，極需專業技術指導，以提升技術水準。另當時因為金酒公司將產出之大量酒糟倒入海裡，引起大陸廈門當局反應海洋遭受污染，為解決金酒公司每日生產數百噸酒糟棄物處理問題，金門良金公司因而於79年設立牧場，於同年12月16日第一批金門黃牛進場飼養，開啟以酒糟飼養金門黃牛之歷史。
金門的食品業規模小，對許多業者而言，雖有心要提升生產技術與產品品質，但無法執行繁雜的計畫管理，導致申請相關政府補助計畫受到限制。食品所表示，透過組成研發聯盟的方式，集結具有基本管理計畫執行相關業務能力之業者的力量，共同申請經濟部研發補助計畫。
食品所在經濟部支持下，聯合良金公司與金門當地其他有輔導需求意願廠商，如王大夫一條根、永強生物科技、一來順等公司，共同成立「金門地方特產研發聯盟」。金門研發聯盟團隊主要利用金門當地特色農產品進行創新開發應用，藉由食品科技提升生產技術與產品品質，也訴求產品的機能性功效。希望透過輔導成效，讓其他金門食品業者更有信心投入研發資源，提供消費者更安全無虞的產品，共同開拓金門觀光伴手禮市場。
食品所透過歷年來的輔導案，已輔導8家以上之金門業者，協助開發半乾性肉乾、高粱酒糟牛肉調理包、高粱酒糟牛肉精飲品、一條根茶包、黑蒜頭高粱醋、及高安定性貢糖等數十項特色產品。因輔導成果受肯定， 97年執行之經濟部「金門地方特產品之研發」計畫榮獲離島地區典範案例；100年執行之經濟部「金門創新與加值特產品研發聯盟」計畫更榮獲民生領域優良案例肯定。食品所表示，在經濟部產業升級輔導政策下，104年持續推動輔導金門特色產品創新研發，主要進行牛油清潔護膚產品、高品質麵線與鹿茸雞精飲品之開發。