而我國自民國89年12月25日施行之「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」以來，鑑於大陸對依上開規定之港口輸入臺灣貨品，其檢驗標準較為寬鬆且課稅較優惠，致臺灣貨品經由金門小三通方式輸往大陸該等口岸之貨物數量大幅成長，惟大陸海關近來發現以虛報貨名、數量、低報價格方式逃漏課稅或規避輸入規定之不法情事層出不窮，稅額嚴重短收，爰加強整頓前開情事，採取進ㄧ步明確規範和監管查驗措施，俾導正業者依規定辦理報關。
大陸海關對小額貿易開放港口原為福建沿海之同益碼頭、東山港、漳州港、石井港、圍頭港、後渚港、后湖港等七個口岸，因其通關設施簡陋，不符合進出口貨物通關所需，經大陸海關檢討後，104年3月僅剩廈門同益碼頭可供泊靠輸入臺灣貨品；另近期因中國大陸擬於閩北小三通關口（馬尾、黃岐、三沙等）比照大三通模式，限制針對船舶噸位及裝貨方式（不得散裝，改由櫃裝），使得經營兩岸通航之北竿小貨船（漁船改裝，無法載運貨櫃）處於停航狀態。 關務署檢視103年11月至104年2月小三通貨物出口相關統計資料，其中離岸價格分別約新臺幣（下同）30、19、11、2.7億元；出口報關份數分別為6,081、3,377、1,798、320份。資料顯示小三通貨物出口至大陸之離岸價格與報單份數有明顯減少現象。該署提醒小三通業者，注意目前大陸小三通通關作業情形，避免貨物出口後無法通關造成損失。