立法院內政委員會22日審查「公投法」部分條文修正草案，由於朝野對修法意見分歧，國民黨立委退席表達不滿，在野黨便利用人數優勢，初審通過民進黨修法版本，也就是公投提案門檻由現行的千分之五大幅降為萬分之一，連署門檻由5%降為1%，通過門檻則由「雙二分之一制」改為簡單多數決。此外，初審也通過廢除行政院公審會，並將公投主管機關改為中選會。
對此，行政院發言人孫立群24日表示，公投通過門檻改為簡單多數決，將造成少數人決定國家重大政策的不合理現象。台灣現有選舉人數為1,808萬，若完全不設投票率門檻，未來可能產生100萬民眾參與公投案，只須50萬加1人就可通過的情況，有違民主國家多數決的原則。至於提案及連署門檻大幅降低，可能導致公投案成案過於浮濫，造成社會動盪，浪費過多的社會成本。
孫立群說，行政院支持適度放寬公投提案門檻，並同意下修至千分之三。至於連署門檻，由於未來將設置公民投票電子系統，將提升民眾在網路提案、連署的便利性，因此，行政院主張維持現行5%的連署門檻。行政院發言人孫立群說：『(原音)行政院的態度基本上是支持適度放寬公投提案的門檻，但是為了避免公投提案過於浮濫，行政院傾向同意將提案的門檻下修至千分之三。另外，考量連署一旦成立就必須進行公投，那一次全國性的公投目前的花費差不多是7.8億元，而且電子系統的建立已經降低了連署的難度，所以維持現行連署門檻5%的規定，應該可以兼顧公投案的公共性和確保民眾的公投權益。』
此外，孫立群指出，公審會是獨立行使職權，存在的目的是為協助人民行使公投權，確保任何的公投均為有意義的公投，避免提案內容相互矛盾或顯有錯誤等，各國大多也都設有類似的審議機關，因此，公審會的存在確有必要。
孫立群強調，行政院希望朝野黨團能重新協商、充分討論，以免扭曲公投為彌補代議政治不足、化解重大爭議的原意。