為鼓勵地方政府管理、整治水環境，行政院環境保護署從民國93年起推動河川污染整治及海洋污染防治績效考核，103年起更導入流域水質管理觀念，以「水質清淨程度」、「流域生態環境」、「污染源查核」、「政府行政管理」及「水環境巡守」5大面向，整合水土林等自然資源保護，提升流域生態效益，引導地方政府推動流域水質管理行動計畫。
103年度河川污染整治及海洋污染防治績效優良縣市中，獲選特優的高雄市以治水、清水、親水、透水為願景打造四水新首都，水污染源管制策略具體，取締及處分工作執行確實，嚇阻事業違法排放，轄內河川水質明顯改善。
彰化縣結合檢警環聯合稽查管制，查獲繞流排放電鍍廠，追繳不法利得並勒令停工，有效遏止偷排行為。新竹市積極推動客雅溪、頭前溪現地處理水質改善工程及截流污水處理工程，有效改善河川水質。
此外，新北市、宜蘭縣、新竹縣、花蓮縣、澎湖縣、桃園市、台中市及台南市獲河川組優等。新北市、高雄市、澎湖縣、台南市、桃園市及屏東縣6縣市也獲得海洋組優等。
環保署表示，在全國直轄縣市努力下，全國河川嚴重污染河段從90年386.2公里減少至103年103.6公里，水質未受污染河段從90年1808.9公里增至103年1841.6公里，全國水環境品質改善明顯。