針對立院民進黨團的第三跑道遷回之說，桃園市長鄭文燦表示他邱奕勝議長的意見相同，此舉不但造成5個都計受到航管影響，更會造成地方嚴重衝擊。而興建第三跑道是交通部的權責，交通部理應出面說明。
立法院民進黨團15日決議，除了航空城蛋黃區作「全區聽證」外，第三跑道移到現在已遷離的海軍基地。桃園市議長邱奕勝16日在第一屆第一次定期會中表示，埔心海軍基地問題，地方已經討論努力二十年，好不容易才遷移，如果第三跑道設置於此，將會給周邊地區但帶來噪音及限禁建，希望市長能有具體回應。
鄭文燦市長表示，埔心海軍基地如果設置桃園國際機場第三跑道，飛航管制區將向桃園的主要都會區移動，比現在的國際機場影響範圍大，包括大園果林都市計畫、大竹都市計畫、機場捷運A16（橫山站）、A17（領航站）及高鐵青埔特定區等五大地區，都會受到飛航管制影響，包括飛航噪音、建築物限高或是限禁建，如此一來，對於桃園的都市發展與市民生活，將造成無可恢復的衝擊。
由於興建第三跑道是交通部的權責，桃園市政府呼籲交通部針對第三跑道設置地點，清楚說明，為什麼選擇靠近海邊的竹圍沙崙地區，而不是埔心海軍基地，選址考量因素，包括地質條件是否適合，工程技術是否可行，以及機場營運管理是否必要，都應該由交通部說明。
鄭文燦也說，航空城計畫要更公開透明，讓民意參與，以整合出共識，因此航空城計畫區的開發採取「全區聽證」，「同一計畫、同一標準」，讓正、反意見在聽證中充分表達。聽證結果將送內政部土地徵收小組並進行區段徵收審查，市府會在一年內完成桃園市政府所負責的蛋白區全區聽證。