由於大陸海漂垃圾造成金門、馬祖海岸變色,帶來嚴重的環境汙染問題,監委包宗和、王美玉、江綺雯等人申請自動調查,希望能找到妥善解決辦法。監委指出,地方政府及地區議員屢次反映,隨著梅雨季節的到來,雨水將垃圾帶入大陸福建省九龍江及閩江,垃圾再順著河道沖入大海,出海後隨著海流漂向連江縣及金門縣沿岸,其中包含醫療廢棄物、有毒化學物質等,污染地區海域與沿岸生態,亦造成清理垃圾的困難;地方政府雖曾向大陸相關機關反映海漂垃圾問題,然成效似有不彰。
金馬地區海漂垃圾問題日趨嚴重,監委決定立案調查,督促陸委會協調海協會,透過兩岸兩會協商來解決。監委表示,監察院地方巡察主要係瞭解地方政府面臨的困境,適時的擔任中央機關與地方政府的溝通平台,對於中央機關與地方政府如何面對大陸海漂垃圾問題,監察院將透過立案調查,深入瞭解,確保地區生態發展與民眾健康權益。