包括澎湖、屏東琉球鄉及台東縣蘭嶼、綠島等離島，早期都以掩埋方式處理垃圾；但隨著垃圾掩埋場飽和、附近居民厭惡及環保意識提升，逐漸不再用掩埋方式處理垃圾。
不過，這些離島的人口及垃圾量，除了澎湖外，很難養得起一座焚化爐；澎湖則有用地問題，20年來一直無法興建焚化爐。離島的垃圾只能運到其他地方代為處理，但近來也面臨代處理費用大幅調高的問題，依然為垃圾所苦。
澎湖是台灣最大的離島縣，也面臨垃圾處理問題。澎湖縣環保局長胡流宗表示，澎湖早期的垃圾都以掩埋場掩埋方式處理，原本要推動興建焚化爐，因土地位於水源保護區內，加上空污的疑慮，且遭當地居民反對抗爭等，導致興建焚化爐的計畫至今未完成。
胡流宗說，澎湖的確需要一座焚化爐，以目前每天50噸的垃圾量，觀光旺季可達80噸的數量，未來澎湖預計興建日處理80至100噸的垃圾焚化爐，希望能在4年內成興建，徹底解決澎湖的垃圾處理問題。
屏東小琉球於民國86年7月就發包興建焚化爐來處理垃圾，91年興建完成開始營運，屏東縣環保局說，當時因垃圾量不足，焚化爐停停開開，造成運轉成本過高，沒有持續性的運轉，也讓污染防治設備沒辦法完全處理，造成有載奧辛飄出問題；再加上離島海水海風問題，焚化爐機具易鏽蝕，93年就因多項設備損壞而無法運作停擺，垃圾改用船運到本島的屏東崁頂焚化爐焚化。
小琉球的焚化爐不僅沒有發揮處理垃圾的功能，反而成了垃圾堆積場及資源回收場。琉球鄉民表示，鄉公所並沒有好好處理垃圾問題，除了資源回收物多年沒有處理外，現場垃圾亂堆，成為地方頭痛的地點。隨著小琉球遊客增多，環保局表示，1天30多噸的垃圾量仍不足以讓焚化爐順利運轉，目前小琉球的垃圾還是以運到本島處理會比在小琉球用焚化爐處理便宜。
人口及垃圾量更少的台東縣蘭嶼、綠島，更不可能興建焚化爐。台東縣環保局表示，蘭嶼和綠島垃圾，1個月將近60、70噸，無法設置焚化爐，過去是以掩埋場處理，從民國101年後委外運回台灣處理，清潔隊收集垃圾後交給業者，業者打包後，利用貨輪將垃圾運到台東，再陸運穿越中央山脈送到高雄焚化爐。
目前，澎湖及蘭嶼綠島的垃圾都運到高雄代為處理，雖暫時解決垃圾處理問題；但高雄自今年初起，大幅調高代處理外縣市垃圾的費用，讓澎湖等離島大喊吃不消。
澎湖縣環保局長胡流宗說，澎湖自97年起把垃圾轉送至高雄焚化處理，原本今年高雄要調高處理費，在縣長陳光復等人爭取下，決定今年暫不調整，但可預見未來定會調漲，垃圾處理問題還是需要早日妥善解決。