台灣的產業發展，最重要的就是升級、轉型，就連離島業者也不例外，為此，經濟部針對金門、澎湖、馬祖及蘭嶼、綠島等離島的食品業者，導入食品所、工研院、石資中心及中衛中心等法人機構的協助。
食品所協助金門業者以金門當地特色產品與原料為主軸，籌組金門產業研發聯盟，協助開發半乾性肉乾、高粱酒糟牛肉調理包、高粱酒糟牛肉精飲品、一條根茶包、黑蒜頭高梁醋以及高安定性貢糖等，品項多達數10項。
此外，食品所還導入欄柵技術、調製技術、醋酸菌培養技術、熱加工技術、萃取技術等，輔導金門業者利用金門在地原料，進行系列新產品之開發，多年來已輔導8家以上之金門食品業者。
而今年，食品所鎖定牛油清潔護膚產品、高品質麵線、鹿茸雞精飲品，與金門食品業者一起開發。
協助金門食品業者升級轉型，已初見成果，促成金門業者投資超過1億元，興建金門第一家肉品加工廠，創造總產值超過3億元。