遺體卡在第5節車廂，屍塊散落四處，死者的藍色手提包、紫色球鞋和紅色手錶也遺留在現場，警方通知殯葬人員前來協助，由於遺體難以挪動，台鐵人員透過無線電，請駕駛將列車緩慢行駛至前方暫時停靠。
待列車駛離現場後，警方發現遺體已扭曲變形，臉部朝下倒臥在鐵軌，上半身赤裸，右腿嚴重焦黑，鐵路警察局也派員前往蒐證。
鐵路警察局台北分局偵查隊長龔沛紘說，據駕駛表示，死者當時坐在第一月台，在列車經過暖暖站時，不知何故突然跳軌，緊急煞車但已來不及，不過詳細事故發生原因，仍須調閱監視器畫面後才能釐清。
台鐵表示，事故現場已在下午6時18分放行，東正線於下午6時22分開通，恢復雙線通車，共有8列車延誤188分鐘，1970名旅客受到影響。
不少要到花蓮遊玩的旅客行程受到延誤，只好拖著厚重行李，經由人行陸橋走到第二月台，等候接駁列車。
有旅客忍不住抱怨，事故發生當下，只聽到廣播「暫時停靠」，根本不知發生事故，等了近1小時，完全沒有人指揮，台鐵應變能力有待改進。
也有乘客也向台鐵人員反映，買普悠瑪有座位的車票，卻來了輛舊型的自強號，而且還沒有座位，頻問台鐵人員「可以退票嗎？」。
台鐵表示，由於暖暖站為無人車站，列車長必須在第一時間先了解事故狀況，希望旅客能體諒，另外，由於普悠瑪號車庫在樹林，若派車到暖暖，旅客等候時間可能更久，才會決定先就近調派列車，將旅客載送到宜蘭站後，旅客可決定退票或繼續搭乘。