對於台北市長柯文哲日前批評馬總統，當年市長任內對美河市案「什麼都不知道才是問題」，總統府發言人陳以信表示，「分層負責」是政府機關推動工作的基本原則，目的是提高效率，這早已建立制度，實施多年，尤其台北市政府公務繁雜，更須如此，柯文哲身為台北市長，應該比其他人更清楚。
陳以信也表示，由於本案屬於分層負責，當年並非由市長決行，加上監察院已經對此案調查過，並不認為有調查馬市長的必要。不過他也轉述總統的話表示，總統強調，如果有該負的責任絕不會逃避。陳以信：『(原音)馬總統強調，他當時身為台北市長，應該負的是對台北市民的政治責任，如果有該負的責任，馬總統絕對不會逃避。』
陳以信強調，在公務體系中，分層負責是非常必要的制度，既非切割，也不是推諉，因為任何一位首長，既不可能，也無必要，更不應該事事都管，台北市長也不例外，但市長必須負起最後的政治責任。他並「請柯市長記住昨天講的話」，日後可以檢驗」。