民國93年艾利颱風過境，水庫原水濁度提高使自來水廠無法負荷，造成長時間停水，水利署遂於93年底推動石門水庫增設取水工工程，由該署北區水資源局負責設計與施工，分別於標高236、228及220公尺興建直徑達3公尺之上層、中層及下層取水口隧道，期能在颱風過境原水濁度飊高時，仍能取得水庫較上層低濁度原水，以提供每日最大140萬噸供水能力，可穩定民生及工業用水需求。
本工程自95年6月開工至98年底已完成上、中層取水口隧道，並於99年至103年颱洪期間發揮取水功能。下層取水口隧道因位置較低，開工至今僅100年5月間有6日達可進場施工條件(水位標高218.5公尺以下)，故下層取水口隧道遲未能完成；配合水情吃緊，北水局除積極辦理抗旱調配作業，並配合今年2月水庫水位再度下降，把握進場時機，通知承攬廠商動員，先進行取水隧道口之邊坡保護工作，並配合水位逐漸下降於3月12日已進場進行隧道洞口段擴挖，接續將再進行隧道內開挖、輸水鋼管及攔污柵安裝等工作，水利署已督促北水局及廠商全力趕工，期如期如質於4月底完工，以提供大桃園地區質優量穩之水源。