水情持續不佳，抗旱同時，水利署已加強督促全台各水庫單位，要利用低水位，清淤效果最好的時機，全力衝刺水庫清淤工作，為延長水庫壽命共同努力。水利署指出，趁此枯旱黃金時機，將原定287萬立方公尺清淤量大幅提升7成，達483萬立方公尺。依據淤積嚴重程度及供水重要性，優先推動石門、曾文及南化等水庫整體防淤策略。
目前臺灣地區水庫平均淤積量約29.5％，歷年政府部門均持續辦理清淤工作，經統計莫拉克颱風前清淤量5,381萬立方公尺，莫拉克颱風後迄今清淤7,005萬立方公尺，總計已1億2,386萬立方公尺，約一座鯉魚潭水庫容量，惟清淤數量仍遠不及淤積數量，究其原因為台灣地區地形陡峭，地質較為破碎，地震頻繁，且近年全球暖化與氣候變遷造成降雨集中，造成水庫淤積加劇，另水庫地點多屬偏遠山區，受限交通因素，全面清淤有其困難。
水利署基於水庫主管部門，苦思解決對策，近年來已有具體作法，依據淤積嚴重程度及供水重要性，優先推動石門、曾文及南化等水庫整體防淤策略。簡單而言，就是由水庫集水區上游進行保育工作，使山坡可以穩定，減少土砂流入水庫；已進入水庫的土砂，除以傳統機械浚挖載運外；在接近大壩蓄水區域，以動力抽泥暫放下游河道，再利用颱風時期洪水攜帶至下游，可大量清淤外亦有還砂於河的功效；而對原有水庫設施改造專屬排砂功能，如石門水庫原電廠隧道改建排砂隧道（電廠防淤隧道），於102年度蘇力及潭美颱風期間開啟排砂達101萬噸；另外新建排砂隧道，於颱風時期以自然洪水力量，順利帶出泥砂最有效，上述三座水庫都已經興建推動中。
臺灣新興水資源設施開發不易，減緩水庫淤積速率至為重要，水利署仍將持續推動整體水庫防淤策略，並於枯旱期間加強清淤工作，以期延長水庫使用年限。