民國93年艾利颱風過境，水庫原水濁度提高使自來水廠無法負荷，造成長時間停水，水利署自93年底推動石門水庫增設取水工工程，分別在標高236、228及220公尺興建直徑達3公尺上層、中層及下層取水口隧道。
水利署表示，希望能在颱風過境原水濁度飆高時，仍能取得水庫較上層低濁度原水，以提供每日最大140萬噸供水能力，並穩定民生及工業用水需求。
相關工程自95年6月開工至98年底已完成上、中層取水口隧道，並在99年至103年颱洪期間發揮取水功能。
不過，因下層取水口隧道因位置較低，開工至今僅100年5月間有6日達可進場施工條件，因此下層取水口隧道至今未完成。
由於近期水情吃緊，水庫水位下降，水利署表示，3月12日已進場進行隧道洞口段擴挖，後續將再進行隧道內開挖、輸水鋼管及攔污柵安裝等工作，希望能在 4月底前完工。