目前該計畫正以「新方案二」賡續以低碳、生態工法理念進行綜合規劃及環境影響評估調查作業中，並就斷層、礦坑等環境影響敏感因子持續深入評估，研提減輕對策，落實公共工程與環境永續兼容並蓄的理念。
次依照「環境影響評估法」及「行政院所屬各機關中長程個案計畫編審要點」規定，個案計畫於規劃及環評作業時必須提出替代方案，並評估該替代方案之成本效益，本局所說明替代方案即據此辦理。替代方案將沿現有宜蘭線鐵路走廊評估，朝改善坡度(改善牡丹陡坡16.7‰至13‰以下)、曲率半徑(R=300改善至R=1000以上)為目標，必要時採截彎取直新闢路線，以達「增加運能、提速縮時」之目標，預期以一般自強號評估，初估可節省20分鐘。本局仍就「新方案二」為優選方案並依上揭規定研提替代方案併入環境影響說明書及綜合規劃報告，預定將分別於104年5月中旬及104年6月下旬循序報核。