施明德14日曾投書報紙，發文「把林輝煌釘上十字架吧」，文中指出「林輝煌當年不過是小卒！只是一個28歲當預備軍官的小小軍事檢察官，在美麗島事件發展到大審時，才被拉到法庭和起訴檢察官共同論罪！一個少尉能在戒嚴時代編造美麗島事件這種滔天大案？批評者太抬舉林輝煌了」。
法務部今天召開記者會表示，林輝煌的學經歷完整，從民國92年起連續獲陳定南、王清峰、曾勇夫三位法務部長推薦為大法官人選，這是法務部第四度推薦，沒想到這次卻變成罪大惡極，委實不通。
林輝煌發表心聲指出，他在65年就讀中興大學法研所期間考取司法官，經受訓結業後，派任彰化地檢處候補檢察官。法研所畢業後，先留職停薪，再入伍服預備軍官役，奉派當時的警備總部軍法處檢察組軍事檢察官，當年27歲。
他說，68年12月發生高雄美麗島事件，因處戒嚴時期，案件移送警總軍法處偵辦，檢察組全體檢察官皆奉命動員偵辦，他雖居最低階的預備役少尉軍事檢察官，也經分派負責偵訊被告黃信介、施明德、張俊宏，案件經起訴移審後，又奉命蒞庭公訴。
林輝煌表示，美麗島案起訴的犯罪事實，依當時的動員戡亂時期懲治叛亂條例，為唯一死刑，但他本於偵訊所得，認為被告等人是出於政治的信念及主張，雖然實現主張的手段為當時法律所不容，但情輕法重，因此斗膽建議依刑法第59條規定，犯罪的情狀顯可憫恕，當庭請求所有被告免死。
林輝煌說，現在仍記得，他一席哽咽肺腑之言，竟觸動庭內所有人情緒，頓時傳來陣陣悲鳴，此起彼落，「聲聲縈繞我耳，迄今猶留我心」。
他說，對這起案件被告為政治主張視死如歸的勇氣，內心感佩，虔望民主開放的火苗可以在寶島台灣延續發光，也堅定他深入鑽研司法制度及人權保障的法制建構的決心。
林輝煌說，37年前服義務役，因緣際會，奉命參與美麗島事件部分軍事偵審工作，扮演的職務角色，歷史評價及譭譽，一切只能聽諸於人，坦然敬謹接受，但將所思、所感，化為日後從事司法的願景，卻是個人一直以來努力的動力與不變的志業。