慈濟內湖開發案在這幾個月引發爭議，昨天又爆出慈濟在台南辦學有特權，慈濟中小學的土地租金竟是由台南市政府代付的？
根據自由時報報導，在張燦鍙擔任台南市長其間，台南市政府依獎勵民間興學自治條例與慈濟簽約，在安平區的文小四三及文中四四2塊用地，由慈濟興建國小、國中及高中，而且台南市政府同意代支付每年800多萬元土地租金，至今台南台南市政府已代繳6000多萬元租金，有「獨厚」慈濟的嫌疑。
此外，台南市政府去(2014)年與慈濟重新締約，但合約又規定，除非慈濟違反設立目的，且同意解約，否則台南市政府不得片面解約，使得外界質疑台南市政府被「綁」終身契約。對此，台南市政府教育局出面解釋，所訂定的契約中要求慈濟辦學招生時需為小班制，而且要有6％弱勢學生以公立學校標準收費，其他私立學校並沒有類似的規範。
對於外界認為台南市政府獨厚慈濟一事，慈濟高中校長曾耀松表示，校方依照相關契約辦理，在關懷地方弱勢及提供優質教育資源上，都做了相當大的努力，而且因為小班經營，所收的學費還不足以支應，為了維持校務運作，每年還要向董事會尋求支援。
但有其他私立學校對於此事相當不滿，亞洲餐旅學校校長書國範表示，得知慈濟不用繳交用地租金，曾爭取減免機會，但未獲同意。然而亞洲餐旅學校也有補助弱勢學生，而且不限定弱勢生名額，「來多少補助多少」，為何得不到台南市政府減免租金？