內湖慈濟園區位於台北市內湖區大湖公園北側，臨近成功路5段，計畫面積約4.5公頃，分為南、北兩基地。該地是台北市政府劃設的山坡地保護區，早年曾是湖泊，經填土開發成陸地。
慈濟基金會1997年起欲將此保護區變更為醫療用地，興建兒童醫院；2005年又重新申請將範圍內保護區變更為社福用地，興建「內湖慈濟社會福利園區」，但居民、學者與環團因擔憂保護區開發可能影響水土保持和安全問題，對開發案表達強烈反對。
柯文哲2月接受專訪時，感嘆慈濟花一大筆錢買保護區的地，「要改成開發，奇怪耶！」；玄奘大學社會科學院院長釋昭慧認為柯文哲羞辱慈濟是「軟土深掘」，「有種，就用這套一再羞辱慈濟的狂言，拿來羞辱IS（伊斯蘭國）吧」，與北市府槓上，引發外界對慈濟財務透明度和內湖慈濟開發案的關注。
爭議延燒20多天後，慈濟今天下午召開記者會，宣布將撤回內湖園區開發案。以下是慈濟內湖開發案大事記：
1996年，慈濟以新台幣13億元購入內湖保護區土地。
1997年，慈濟欲將保護區變更為醫療用地，作為「慈濟台北內湖健康園區」，興建兒童復健醫院等大樓。
1998年12月5日，內湖區大湖里里民對慈濟開發案自辦公投，共有5303名里民投票，投票率約7成，其中4562票反對，占總投票數的86%。
2005年，慈濟再度提出申請計畫，欲將保護區變更為「社會福利特定專用區」，興建「內湖慈濟社會福利園區」，蓋1棟10層建築，作為國際志工、救災、回收、社福的據點。
2005年6月8日，台北市都市計畫委員會第543次委員會決議，組成內湖慈濟開發案專案小組，對使用計畫、交通、水保、回饋、保護區開放原則等議題進行討論。
2005年7月至2006年12月，專案小組共召開7次會議，過程中有委員認為慈濟開發案應列入保護區通盤檢討，不宜個案討論。該案送入都委會（大會）審議。
2007年5月11日，台北市都市計畫委員會第568次委員會決議，內湖慈濟開發案加開討論會，對委員所關切的多項議題先行釐清後，再續提委員會審議。
2007年6月至2010年9月，都委會召開3次討論會，認為台北市目前沒有要全面開放保護區，內湖慈濟開發案不宜進行全面性的通盤檢討，應採個案方式進行詳細審議。建議未來可比照貓空地區開發許可的模式。該案送入都委會討論。
2010年10月25日，台北市都市計畫委員會第619次委員會，認為慈濟應對環保及水保等議題補充說明，變更案遭退回。
2010年11月11日，台北市都市計畫委員會第620次委員會，因變更案發言民眾過多，留待下次會議討論。
2010年12月6日，台北市都市計畫委員會第620次委員會續會，決議由下屆委員審議。
2012年8月30日，台北市都市計畫委員會第637次委員會，再度組成內湖慈濟開發案專案小組進行檢視。
2013年1月，內湖保護區守護聯盟在30輛公車車體登廣告，訴求請慈濟放過保護區。同月15日，慈濟要求撤下「違法」的車廂廣告，停止造惡業。公車廣告代理商16日撤下廣告。
2013年3月至11月，專案小組召開第8次及第9次會議，認為都委會應先確定內湖慈濟開發案採個案變更或納入內湖區通盤檢討辦理。
2014年4月10日，台北市都市計畫委員會第657次委員會，決議將內湖慈濟開發案納入內湖通盤檢討案。
2014年12月26日，台北市長柯文哲接受媒體專訪時，表態反對內湖慈濟開發案。
2015年2月，台北市長柯文哲接受建國中學刊物「建中青年」專訪時，感嘆慈濟花一大筆錢買保護區的地，「要改成開發，奇怪耶！」
2015年2月23日，玄奘大學社會科學院院長釋昭慧對慈濟力挺，認為柯文哲羞辱慈濟，在臉書發文說「有種，就用這套一再羞辱慈濟的狂言，拿來羞辱IS（伊斯蘭國）吧。」引發外界關注內湖慈濟開發案。
2015年3月16日，慈濟召開記者會宣布，在社會未有共識前，即日撤回內湖開發案。