台北機廠全區已定為國定古蹟，在16日的教育文化委員會上，立委黃國書在質詢時認為，交通部可能對此事提起訴願。對此，文化部轉述交通部說法，指稱不會針對此決議提起訴願 。
對此，文化部長洪孟啟於立法院教育及文化委員會施政工作報告結束後，立即與交通部部長進行溝通。交通部表示，針對此決議，不會提起訴願，也表示未來要做的事情還有很多，雙方將儘快坐下來討論，解決相關問題，必要時也將邀請北市府一同加入。
洪孟啟表示，已經請文化部次長在本週內儘快透過溝通協調平台，邀集交通部共同研商有關台北機廠相關問題及政策大方向。