施明德日前發表「把林輝煌釘上十字架」一文表示，法務部推薦司法官學院院長林輝煌擔任大法官引起軒然大波，指控林輝煌在美麗島事件編造「長短程奪權計劃」，把林輝煌形容成納粹般的邪惡罪犯，彷彿就是罪魁，林輝煌一夕之間已從院長變成「林魔」了，應該把他釘上十字架！文章發表後引發討論。
施明德下午發表聲明表示，這篇文章從頭到尾都沒有在討論林輝煌是否適格擔任大法官一職，他只是以美麗島事件「首惡」的身份，說明事實真相，在白色恐怖時代，林輝煌只是小卒一個而已。
他說，為了反對林輝煌，而羅織林輝煌當年的「罪行」，這和當年國民黨特務羅織美麗島事件的「罪行」本質上似乎相近。不喜歡解嚴後，台灣人還保存當年那種羅織他人罪狀的習性。
施明德表示，第一次推薦林輝煌出任大法官的正是民進黨執政下的前法務部長陳定南、施茂林，為什麼民進黨推薦就可以，就不批評，現在就該狠批？
他說，同樣道理，為什麼「扁神」聘任當年的特務頭子王昇上將為國策顧問，前副總統呂秀蓮、前行政院長謝長廷、蘇貞昌等人，還有時任國安會副秘書長的江春男卻都不出面勸阻陳水扁？難道為惡愈大，愈應受禮遇？小卒叫活該被追殺！這是什麼轉型正義，這是什麼公平正義？
施明德表示，國民黨是加害者，不揭露真相，不做轉型正義，他能理解。為什麼阿扁們執政8年連國家檔案也封閉？更不做轉型正義？沒有真相，就可以任由掌權者利用職權，要批誰都可以！他的痛苦在此。