依照現行兩岸人民關係條例規定，大陸船舶未經許可進入台灣地區限制或禁止水域，主管機關得逕行驅離或扣留其船舶、物品、留置其人員或為必要防衛處置。經扣留者，得處該船舶所有人、營運長、船長、駕駛人新台幣100萬元以上、1千萬元以下罰鍰；若為漁船，則處5萬元以上、50萬元以下罰鍰。
不過，朝野立委認為對非法捕魚的大陸漁船罰責過低，紛紛提出修法要求提高罰鍰，12日並經立法院內政委員會初審通過。
根據初審通過條文，大陸漁船若違反規定經扣留者，得處該船舶所有人、營運人或船長、駕駛人新台幣30萬元以上、1千萬元以下罰鍰，由海岸巡防機關訂定裁罰標準並執行。參與修法的民進黨立委楊曜表示，修法通過後，應可有效嚇阻大陸漁船違法越界捕魚的情況。他說：『(原音)我個人是覺得，不重罰不足以嚇阻，當然最近這半年海巡署已經有開始實施扣船的行政手段，所以假如能夠再加上重罰，然後宣示台灣政府捍衛經濟海域的決心，這個是很好。』
楊曜也表示，由於大陸漁船採取滾輪式拖網的捕魚方式，所以他們不只是把魚抓走，還會連帶破壞海底的珊瑚礁，因此他支持重罰。