慈濟風波延燒，也成立法院焦點，藍委吳育仁11日質詢時說，讓這些流傳止於智者。慈濟也發出聲明進行說明。
由於名嘴、政論節目近來紛指慈濟把國內八八風災的剩餘善款「流出」海外，擅挪到北韓、古巴等地賑災。吳育仁特地針對此事進行質詢，衛福部社會救助及社工司司長李美珍答詢時證實，慈濟的確曾派專人來詢問餘款能否用於國外，但當時已明確告知，依公益勸募條例規定絕對不可以，目前掌握慈濟並未挪用到國外。
吳育仁說，莫拉克的慈濟勸募善款沒有用到國外去。若是勸募而來，就要按照公益勸募條例，如果是民眾的指定捐款，就必須依民眾指定用途使用。他表示，慈濟四大志業基金會目前看來並沒有違法，不過為了加強對勸募單位財務的檢核，未來，他將力促衛福部推動公益勸募條例的修法。
另外，慈濟也發出聲明【慈濟「莫拉克風災」專案專款專用說明】，進行相關澄清。
慈濟基金會針對莫拉克風災，辦理「八八惡水毀大地；秉慈運悲聚福緣」慈善專案，專款運用說明如下：
一、 本會莫拉克風災專案，自2009年8月8日至2010年12月3日，在「緊急濟助關懷」階段，共計支出2億4284萬608元。 自2009年8月8日至2013年12月31日，在「復健重建安頓」階段， 共計支出26億6615萬1898元。相關成果說明如下： (1)永久住宅興建基地 1、台南縣玉井大愛園區 2、高雄縣杉林大愛園區 3、屏東縣高樹大愛園區 4、屏東縣長治百合部落園區 (2)永久住宅興建戶數 1、台南玉井：26戶 2、高雄杉林：1002戶 3、屏東高樹：8戶 4、屏東長治：164戶 5、屏東來義：56戶 6、屏東滿州：20戶 7、總計援建永久住宅1276戶 (3)教堂與活動中心 1、教堂2間 2、活動中心2棟 二、 莫拉克風災專案募款，國內及海外共計52個國家地區的善款匯聚臺 灣，總計全球47億9538萬7572元。 本專案結餘款為17億723萬7375元，其中，依賸餘款項計畫書，應用 於國內相關急難災害的慈善工作。 相關說明如下： (1) 屏東縣5所希望校園援建。 (2) 花東地區老舊校舍整建。 (3) 經濟弱勢住房整建。 (4) 其他─災害急難濟助及重建整建。
三、 本會莫拉克風災專案專款中，其中來自臺灣以外的51個國家地區的善款，占總捐款比例百分之 12.47，相當於新台幣5億9684萬1640元。
四、 莫拉克八八風災後，全球各地仍災害不斷，近期國際大型自然災害如菲律賓海燕風災等，亟待國際援助。 對此，本會曾向衛生福利部提出，莫拉克八八風災專案中，來自海外 的慈善捐款，是否也可以回歸應用在慈濟的國際賑災慈善運作，因此 向衛福部口頭商議。 經衛福部回應表示，莫拉克風災專案款項運用之指定用途，限定 為國內使用，故本會依主管機關之規定，仍回歸國內使用，絕無挪用 於海外。
五、 莫拉克八八風災專案推動，本會除了實質的專案經費支出，也有隱性成本，如志工人力投入說明如下： (1) 自2009年8月8日起，至今已投入56萬1385人次。 (2) 總計志工人力成本為6億7284萬9620元。
六、 為因應臺灣近年來災害不斷，本會依《公益勸募條例》申請變更，擴大照顧因災害所造成的弱勢族群。 100年3月18日提出第一次計劃變更，3月29日依內政部來函文號 《內授中社字第1000006701號》奉核辦理。 103年元月23日提出賸餘款項使用計劃書，並於103年2月11日， 依衛生福利部來函文號《衛部救字第1030060609號》奉核辦理。