矯正署表示，陳水扁保外就醫案是經過擴大醫療鑑定小組鑑定，綜合比較前後病情差異，認定他的病況確有惡化，符合監獄行刑法第58條規定「在監不能為適當醫治」，並參照「法務部矯正署保外醫治審核參考基準」，進行實質審查，才核准陳水扁保外醫治，以利接受更妥適的治療與照顧。
為消弭外界爭議，矯正署表示，主動清查發現，截至1月31日止，矯正機關初步調查病況可能符合保外醫治基準人數共有83人，再經醫師評估，其中19人以戒護住院方式可妥適照顧，14人以移送培德醫院方式可獲妥適照顧，25人經醫師評估病況經門診治療可妥適控制，16人已核准保外醫治，其餘9人尋無家屬具保，仍由監獄提供醫療照護。
矯正署表示，對於受刑人保外醫治審核標準，對所有受刑人一體適用，過程公平適切，並無獨厚特定人士。