高鐵財改案之前已導致交通部前部長葉匡時請辭，在立法院新會期開議後，9日在交通委員會依然成為立委質詢的焦點。
交通部長陳建宇在報告中並未針對高鐵財改案多所著墨，在立委羅淑蕾追問下，陳建宇表示，目前交通部的態度是重提財改案、爭取多贏，不得已才會接管。
羅淑蕾則指出，高鐵提出包括921大地震不可抗力因素、營運後運量不如預期、敬老及身心障礙等法定優惠票等，向政府索賠新台幣3,099億元，交通部要如何因應？陳建宇答詢表示，高鐵在協商過程提出的金額是3,099億，但實質向仲裁協會提出的金額是576億，至於仲裁結果，未必會如高鐵想像的那麼樂觀。
陳建宇並指出，新的高鐵財改案將於4月中以前向立法院提出，並朝先全民釋股、再洽特定對象增資的方向進行，假如新的財改案過關，高鐵也可能會撤回仲裁案。陳建宇說：『(原音)是，這個我同意委員的看法，我們新的財改方案如果出來以後，它這個仲裁案就說不定要停下來、要撤掉啦。(羅淑蕾：對啊，那你現在財改案你告訴我們一個時間嘛。)就4月上、中旬之間。(羅淑蕾：上、中旬之間就一定會提出來？)對，會提到立法院來。(羅淑蕾：這個我是建議你啊，你先把那個增資的部分先全民釋股，讓全民大家來認啊，那假如大家不願意認，那當然你再去找特定的對象嘛。)對，目前也是朝這個方向在做處理啦，跟委員的看法是一樣的。』
至於民眾關切的高鐵票價問題，陳建宇表示，因涉及精密的財務試算，須等4月提出新財改方案後再通盤解決。