不過，農委會以安樂死處理定調，專家及鳥會卻主張隔離治療。
農委會動植物防疫檢疫局今天公布安樂死1隻黑面琵鷺，因為在3月1日當天由台南市野鳥協會送救的4隻中，這1隻驗出H型高病原禽流感（6個鹼基）。防檢局長張淑賢說，昨天驗出病毒後，開會到很晚都無法找到可適當隔離處置的場所，所以只好安樂死。
她說，包含動物醫院也沒有負壓病房，家畜衛生試驗所的負壓實驗房則在做口蹄疫動物實驗，特生中心也收容其他鳥類，怕有感染，真的找不到隔離治療場所。
執行安樂死的獸醫師陳培中，本身也是前台南市野鳥協會理事長，他說，因為一時找不到負壓病房，還有考量黑琵會否帶病毒散播，所以主管機關決定後，他受命執行安樂死，方式是深度麻醉，沉睡後心臟會停止。
台南市野鳥協會總幹事郭東輝等會員，從1日到今天共送救14隻黑琵，親自送救，原本7死7傷，原為治療黑琵免於肉毒桿菌致死，因檢出其1有本次高病原禽流感病毒。陳培中說，「郭東輝看著想救的黑琵被安樂死流淚了，我自己也很不捨。」
郭東輝說，全球只剩3000餘隻黑琵，來台渡冬約1800隻，若需要負壓病房治療，是否可以討論借用人的負壓病房，或用其他隔離方式解決，因為全球目前也沒有聽聞如此方式處理黑琵。林務局則證實是安樂死黑琵的全球首例。
陳培中補充，隔離治療過約僅1到2週耐受期，過後就會痊癒。他也說，目前加上安樂死1隻，現況是8死6傷，傷者有4隻已送特生中心，將野放，另2隻也可望野放。
高雄醫學院生物系副教授程建中說，針對候鳥的防疫，10幾年前就由民間團體、台南市野鳥協會與特生中心共同建置防疫的標準作業流程（SOP），現在由陳培中擔任指揮官，執行黑琵送救作業，免因肉毒桿菌致死。
程建中並說，若由他來處理，不一定要使用負壓病房，而是要找到跟其他動物隔離的場所，救治者也分級防護，就可以醫治黑琵野放，況且農委會認定候鳥是禽流感唯一來源仍受到學界質疑，而且黑琵不會到鴨場及鵝場，應可治療野放，不需要安樂死。
程建中及中華民國野鳥協會理事長林世忠都強調，可能還會有下一例驗出禽流感病毒的黑琵，下半年入冬也會有禽流感期，農委會應該要著手建置救治黑琵標準作業，而不是安樂死保育類動物。
農委會主委陳保基及張淑賢都說，走私保育類動物也是安樂死處理，以防有病毒傳播。張淑賢並說，若是家禽，一起送救的其他隻都必須撲殺，安樂死黑琵是不得已的，而且現況也無瑕建置負壓病房。