北市府說，過去北市代墊（原）省政府的經費，在精省後應由中央概括承受，希望交通部給付台北市約新台幣99億8000萬元。
陳建宇下午受訪表示，行政院在民國87年核定，自償性財源由台北市政府暫代辦理貸款並負擔建設期利息，完工後營運時，由營運單位償還貸款的本金及剩餘期間利息。
他表示，行政院在91年函文，指定由台北市政府擔任統一籌措自償性經費的平台，正式營運時歸墊，「講得很清楚」。
陳建宇說，自償性經費不論是誰來代墊，終究還是要由營運收入償還，「現在營運的人是誰很清楚」，台北市政府要把這筆錢拿出來用。
交通部發布新聞稿表示，目前新蘆線營票收收入由負責營運的台北捷運公司收取，土地開發收益由負責開發的台北市政府土地開發基金收取；因此本案的自償性經費，當由獲取自償性財源的台北捷運公司及台北市政府，依行政院所核定的財務計畫規定，負償付責任，並沒有交通部須歸還台北市政府代墊款的問題。
陳建宇說，據他所知北市府去年底開始向台北高等行政法院提告交通部，交通部尊重北市府的行動，交由法院裁決。