大量對外募款但財務卻不夠透明，以及竟擁有驚人的龐大土地資產，讓慈濟成為社會質疑、批評的焦點；國民黨台北市議員秦慧珠認為，慈濟並不能取代所有不同類型的社福團體，如果將大筆善款收在自己的募款帳戶內無法靈活運用，倒不如將善款分散到各個不同的角落，讓不同的宗教、社福團體，都能夠共享社會的資源，也對社會有更好的幫助。
秦慧珠3日在中天電視台「台灣顧問團」節目中表示，相信許多人對於慈濟的尊敬及感謝都是一樣的，但今天大家在討論慈濟的問題，並不是針對這個團體的所作所為不滿意，而是希望從一個更寬廣的角度，更高的視角來看問題。慈濟今天規模這麼龐大，但如果將事情變成了壟斷，那基本上那就不是好事，一旦壟斷了捐款、慈善事業，導致其他的慈善團體幾乎沒有生存空間，這就是值得討論的。
秦慧珠說，由於自己的孩子是罕見疾病患者，因此接觸到許多罕見疾病醫療事務，多年前曾經帶了國外罕見疾病理事長到國內的各醫院走訪，結果發現慈濟醫院並沒有針對某些罕見疾病做治療、也沒有專業醫生，慈濟的醫生甚至表示並沒有這樣的病患案例，這讓她非常驚訝，因為這並不是說東部沒有這樣的罕見疾病，而是慈濟醫院可能沒有注意到這方面的問題。
秦慧珠表示，舉這個實際例子是想要說明，慈濟沒辦法做到那麼細，許多的事情仍需要個別、單一的罕見疾病團體去做，但是很多的小團體也確實募不到錢，甚至在向政府申請補助時，政府只給了3萬元，理由是罕見疾病有兩、三百種，如果給太多經費，其他團體也來申請經費怎麼辦？
秦慧珠指出，善款是否要如此集中？畢竟慈濟並不能取代所有不同類型的團體，且如果慈濟只是將8年來結餘的85億元善款收在自己募款帳戶內，存在銀行卻無法做靈活運用，何不將善款分散到各個不同的角落，讓不同的宗教、社福團體，也都能夠共享社會的資源，讓全民能在不同的層面做善事，對社會也會有更好的幫助；同時，慈濟也必須要讓財務透明、公開，鉅細靡遺地公佈帳目，才能讓質疑者認為慈濟是值得起考驗的。