阿里巴巴集團宣布成立基金支持台灣年輕企業家發揮創意及潛力，總金額高達新台幣100億元，不過，經濟部投審會日前以「阿里巴巴2008年以新加坡商身分來台申請公司登記，違法在台投資」為由，開罰12萬元，並要求補件否則逐出台灣市場。對此，阿里巴巴集團澄清，他們一切遵照合法程序，不存在任何隱瞞，就相關認知差異，會積極與主觀機關進行溝通與配合，並將提出訴願和積極溝通。
根據平面媒體報導，阿里巴巴集團在2008年以新加坡商的身分在台灣申請公司登記，但是台灣2009年才開始開放陸資來台成立分公司，被質疑是隱瞞身分，用偷吃步的方式登記，經濟部在日後發現後，依照比例原則開罰12萬，並要求阿里巴巴重新補件申請，否則要求撤資，並逐出台灣市場。
針對經濟部指阿里巴巴未經許可在台灣從事投資行為一事，阿里巴巴發出聲明表示，台灣的經營主體是新加坡阿里巴巴電子商務股份有限公司的台灣分公司，早在2008年時就按照當時主管機關規定，一切遵照合法程序，依循正常流程以外商身份設立，新加坡阿里巴巴電子商務股份有限公司，連同當時在香港上市的母公司阿里巴巴網絡有限公司，都以外資股東為主。
阿里巴巴強調，新加坡阿里巴巴電子商務股份有限公司是在開曼群島註冊的阿里巴巴網絡有限公司的全資子公司，他們在2008年按照當時主管機關的相關法規，走正常流程以外商身份在台灣成立分公司，一切遵照合法程序進行，並不存在任何偷步或隱瞞，對於主管機關的相關處理及要求，他們將提出訴願和積極溝通。 阿里巴巴表示，去年9月他們母公司在美國上市後，主管機構對集團架構重新定位有不同理解，認為他們屬於符合陸資定義的公司，就相關認知差異，他們會積極與相關部門進行溝通與配合，了解法規上對我們的最新要求，若有需要，公司會按規定程序補充資料或進行申請。