風傳媒報導，王郁琦在春節前去職，留下未實現的金門王張會及新航路爭議。據知情人士透露，王郁琦以承擔張顯耀案政治責任為由請辭，只是檯面上理由，相關部會對王郁琦對新航路爭議的處置方式不滿，反彈強烈，甚至引發總統馬英九關切，才是導致王郁琦不得不去職的主要原因。
府方人士上午澄清表示，王郁琦當初請辭原因，是堅持負起政治責任，馬總統表示尊重，最後勉予同意，但馬總統肯定王郁琦任內所做努力，特別是推動兩岸主管兩岸事務高層制度化交流的貢獻。
府方人士說，媒體該篇報導王郁琦請辭是因為大陸劃設新航路，完全與事實不符。