商港服務費的收取是依據商港法第12條規定，入港船舶依其總噸位、離境旅客依其人數、裝卸之貨物依其計費噸計收，收費項目分為船舶、旅客、貨物三項，繳納義務人分別為船舶運送業、離境旅客、貨物託運人，收費所得全部用於國際商港建設。101年3月1日航港體制改革政企分離後，商港服務費收取作業是委託臺灣港務股份有限公司代收。自104年3月1日起，商港服務費收取作業將收回由航港局自辦，臺灣港務股份有限公司屆時將不再代收各項商港服務費。
交通部航港局為落實簡政便民政策，已完成委託金融機構代收商港服務費及商港服務費金融機構約定轉帳，提供業者及民眾多元繳費管道。配合關港貿單一窗口，也已協調海關提供商港服務費徵收所需進出口報單資訊，開發旅客商港服務費業者線上申報功能，以及按次船舶商港服務費由收費系統自動產生繳納單寄送業者手中，以方便民眾及業者就近至金融機構繳納。
未來還將持續開發新的服務功能，包括：旅客商港服務費線上列印、國內貨物商港服務費增加業者線上申報、按次船舶商港服務費增加業者線上列印等功能，期能提供業者更有效率之申報與繳納方式。
自3月1日起，業者或民眾如對商港服務費收取業務有任何疑問，免費客服電話0800-022-120仍維持不變。另外，也可向航港局各航務中心洽詢，北部航務中心電話 (02)8978-3783、(03)969-9074、(02)2619-4904；中部航務中心電話 (04)2657-1832；南部航務中心電話(07)262-0977、(06)300-0240、澎湖港(06)927-7152；東部航務中心電話(03)850-9081。