空軍司令部舊址位於仁愛路發展軸線上，內部具備自然生態、歷史文化及產業研發等要素，附近更有知名豪宅帝寶，因此後續開發定位與規劃受到各界關注。不過，空總開發案一波三折，在行政院前院長江宜樺任內一度傳出要仿日本六本木，開發為商辦、旅館及會展中心。柯文哲當選台北市長後則提出「以地換地」的想法，希望和中央換地興建社會住宅。
國發會副主委黃萬翔26日出席「永續臺灣--國土空間發展特展」時指出，台北市已和中央達成共識，在開發案定案前，空總舊址將暫時做為「創新基地」。他說：『(原音)現階段會以創新基地為使用主軸，土地本來就是要與時俱進，不同的時空、不同的階段，它會扮演不同的任務，所以必然不會是最後的目的、也不會是永久的，所以在創新基地的使用過程中，會遵守不破壞古蹟、尊重歷史的原則下，做一個規劃跟利用。』
黃萬翔表示，空總創新基地已拉高到行政院層級，會和花博創新創業園區的使用方向區隔開，並會以台北市民的利益為優先，但詳細的規劃內容還須和各界討論。