北檢不起訴涉嫌洩密的陸委會前副主委張顯耀引發議論，馬英九總統13日在接受UDN TV專訪時表示，檢察官認為此案證據不夠，但「不表示沒有證據」，因此，總統認為陸委會主委王郁琦當時將張顯耀先調離現職的處置非常正確。
總統指出，不起訴的決定讓人錯愕，將影響以後國安體系對於相關案例的處置作為，總統說：『(原音)張前副主委這個案子，檢察官也有調查，最後不起訴結案，使得我們整個國安系統都感到非常錯愕，我們並不是說一定要把誰入罪、要把他關到牢裡，像這樣的行為如果都沒事的話，那我們將來對於這類案件怎麼處理呢？這就是一個最大的問題。』
關於立法院長王金平黨籍案的問題，總統在專訪中仍強調此案涉及國民黨的核心價值，必須加以釐清，否則會影響國民黨的長遠運作，總統說：『(原音)像這個法院的判決，這麼深入介入政黨內部事務，又跟實際非常脫離、脫離現實，如果都不去爭論這一點，等到這個案子如果一旦真的撤銷，等於馬上接受高等法院這個見解，那以後不管以後考紀會怎麼改組，只要沒有經過代表大會通過的都無效。』
至於前檢察總長黃世明所涉洩密案的定讞判決，總統表示，他尊重任何司法判決，但對此案的結果感到遺憾。