有網路媒體報導指稱，有具名的檢舉信，指控民進黨籍台南市議員賴美惠在去年底爭取連任議長時，涉嫌向同黨籍的市議員賄選；還透過退休的議會員工，以每票新台幣200萬元代價，取得幾名市議員的支持。
賴美惠對此表示，媒體把之前舊聞拿出來重新組裝成新報導，還指稱她指示議會主管幫忙買票，並無此事。希望媒體善盡查證責任，別再讓擔憂被她擋住政治利益的有心人士誤導；也相信檢調單位會調查清楚，還給她本人公平。
賴美惠指出，議長選舉時台南市議會民進黨團有29名成員，已取得議會過半優勢；加上友好的台聯及無黨籍各1席，且民進黨中央黨部要求進行一致性亮票與投票。如果沒有發生超乎想像的跑票事件，其實足以當選議長，因此她沒有任何需要買票的動機。
賴美惠表示，過去4年議長任內，並未投資任何公司、承包公共工程、或主導任何土地重劃等事項；對於議長職務是抱著改革市政、為人民承擔的心情任事，甚至也曾思考是否繼續連任。一切把它當作是老天的安排，順其自然，並無部分人士所想非連任不可的壓力。
台南地檢署指出，美麗島電子報副董事長吳子嘉在今年1月11日發表網路文章，指控賴美惠涉嫌賄選前，檢方已接獲檢舉並分案偵辦。「具名檢舉信」及有議會退休員工居間牽線等情節，則尚未接獲檢舉。