因前副主委張顯耀洩密案不起訴，陸委會主委王郁琦10日召開記者會宣布請辭。他說，金溥聰告訴他，「從國安單位資訊得知，張副主委真的恐怕有問題」。
王郁琦說，因為張顯耀也涉及由民間企業所供養的助理來協助處理涉及國安問題的政府機密資訊，「這牽涉到的是一個國家制度法制的問題」。
王郁琦強調，「這國家是有制度的」，先不要說張顯耀有沒有獲得授權，今天將政府的機密資訊，自己在沒有得到長官的同意情況之下，將機密資訊交給一個民間人士來處理，然後檢方認為這個沒有違法問題，「這是一件非常奇怪的事情」。
王郁琦說，陸委會在他任內，一個非常重要的努力就是要建立制度化的協商，兩岸之間的互動應該制度化，他問道，任何一個參與談判的人，可以以個人好惡、以個人信任，就把政府機密資訊交給一個民間人士來處理嗎？至於張顯耀聘用民間助理時間有多長？王郁琦說，這應該由檢方或調查局說明，他不便談。
他也透露，當初會這樣處理的原因，他說，在去年上半年，跟台商在社交場合中，有台商告訴他，「張副主委跟中共走得很近，要他注意」，但因無具體事證，所以他當時並沒有放在心上。
王郁琦說，身為一個首長，常常會有這種奇奇怪怪的資訊到我這裡來，所以一開始沒有特別放在心上。他說，在去年7月下旬，他跟國安會秘書長金溥聰開會時有提及此事，金告訴他，會進一步了解；幾天後，金告訴他，「從國安單位資訊得知，張副主委真的恐怕有問題」。
所以，他就向金表示，如果張真有問題，那必須先調離現職接受調查，但這也僅是一個疑點，只有一方資訊，他說，希望在工作疑點沒有釐清前，應該為張安排過渡性質的工作，期間接受調查，王郁琦說，當時也請金跟總統報告。
王郁琦說，去年8月上旬時，他也向時任行政院長江宜樺報告張顯耀案，同時向江建議，應把張調離現職接受調查，幾天後，江回復他，馬也支持，「我那時候請江院長協調一個跟他現職待遇相當的位置，不是漢翔或什麼的，讓他在那個位置上接受調查」，江同意，所以他在8月14日告知張顯耀，因為涉及洩密，所以必須調職接受調查。
他表示，案發後，有一些評論表示，這個案件是政治鬥爭，但王郁琦強調，「本人要在此鄭重澄清，我跟張顯耀毫無私怨，而且我還感謝他在工作上給予本人的諸多協助，我之所以建議他必須要調職接受調查，是因為得知他有工作疑點，職責所在，不得不然」。