行政院環境保護署10日上午審查台南園區二期基地開發暨原一期基地變更計畫變更環差。此次變更後，南科每天用水量將新增5萬噸，且由農業用水調撥，此舉與農民搶水，引發環保團體反彈。
荒野保護學會台南分會環境培力組長張讚合表示，「我們不否定南科產業大部分都是高科技高產值產業，但南科要證明這些產業高附加價值，就得先證明他們有能力支付較高的用水成本，而不是一直與農民搶水。」
張讚合說，「拿農業產值來比較高科技產值，並認定高科技用水須優於農業用水，這種比較不僅不應該，根本就是不道德。」
他呼籲，南科應自設「南科水資源回收中心」，不僅回收園區內廢污水，也可回收新市、善化、安南各地廢污水，這對解決鹽水溪及鹽水溪排放的水污染，才是能讓人相信南科的高科技有很大貢獻。
「對農民來說，灌溉用水是他們生命泉源，不是賺多賺少問題，而是能不能活下去的問題。」張讚合強調，對台灣而言，農業問題不只是經濟問題而是國防問題，是國家能不能生存的根本問題。
張讚合表示，從這次環差報告中發現，南科仍把農業用水作為唯一水源，令人失望。台南水資源基本上很難再增加，曾文越域飲水也已完全停擺。曾文、南化、烏山頭及其他水庫淤積都相當嚴重，清淤難度也高，「就算水利署有再多神仙，也難讓台南水資源供應增加。」
在這種情況下，他認為，水資源的根本來源只有求助於海水淡化或再生水等新興水源，尤其水資源回收利用的再生水，既能作為用水來源又能解決水污染問題，才是努力方向。
環差專案小組環評委員也要求，南科應重新檢討自主水源方案，以廢水回收再利用或自籌水源開發，不該再依賴水利單位提供的廉價水源。
南科管理局代表回應，2年前就曾想過要回收園區放流水，目前園區製程水回收約85%，經水利署補助計畫執行永康再生水有1萬5000噸可用，終期水源也會優先使用台南永康再生水，餘由南部地區新開發水資源計畫完成後調供。但因憂心用量有限，短中期才會向嘉南水利會調度，在滿足農業灌溉用水需求前提下，有節餘後才會調供原水支應。
南科管理局補充，目前園區現況每天用水量約在13萬噸，預定110年因應更新製程後，才會實際增量到25萬噸用水，短期內的實質農業用水移撥量較少。