內政部說，會積極與地方政府協調溝通，建立完整配套機制，以利法案推動及商業團體遵循，預計將有626團體不再受「一會為限」的限制。
內政部表示，自99年縣市合併改制後，商業團體面臨合併的壓力，這次商業團體法修法基本框架仍然以「一會為限」為前提，但對於行政區域調整前已成立者，增訂不受以「一會為限」的規定，以尊重團體運作現況，同時鼓勵團體合併。
內政部表示，例如台中縣與台中市合併升格直轄市後，原台中市商業會及台中縣商業會，仍可2會並存，毋須強制合併。
此外，內政部說，為配合「公民與政治權利國際公約」及「經濟社會文化權利國際公約」維護團體結社自由權，一併修法逐步貫徹團體自治自律原則，將原須主管機關監督或核准事項，修正為團體自決，並提高團體理、監事名額上限，以強化團體自治、自理功能。