復興空難搜救工作持續進行，但相關檢討聲浪也逐漸浮現。不少毛頭指向這次中央神隱，但行政院強調，事發當天，行政院長毛治國在13時20分就坐鎮民航局「空難中央災害應變中心」指揮，引導跨部會合作。
毛治國8日前往復興航空空難搜救現場，向失蹤者家屬致意並慰勞工作人員，對空難事件表達沉痛。毛表示，目前首要工作是盡力找到三名失蹤旅客，並使用科技器材搜救；中央與地方在任何重大災害發生時，相互合作，各司其職，以全力救災。
毛治國說，交通部組成中央災害應變中心，統籌指揮所有工作，地方政府在現場工作，方能推動。所以，中央是大腦間提供智能與機械，地方是手腳；這樣防災體系的設計，方能完備，中央地方各司其職，協力合作。
行政院發言人孫立群表示，由於天候不佳，搜救人員非常辛苦，中央災害應變中心除協調復興航空提供暖爐，並請國防部提供熱水外，毛並致電國防部高部長，調度乾式潛水衣20套，提供深水區人員優先使用。孫強調，只要現場工作所需器材，中央都盡全力調度。
針對媒體指稱中央未投入「復興航空GE235航班事故」，孫立群澄清，毛治國已於空難當(4)日13時20分坐鎮民航局「空難中央災害應變中心」指揮，引導跨部會合作，而行政院副院長張善政也於當日中午12時15分第一時間先行前往應變中心，指揮調度。
孫立群也說，依據《災害防救法》第12與13條規定，當災害達一定規模時，各級政府除第一時間投入救災外，中央及地方政府均應成立應變中心，統籌各項資源積極搶救災害。「毛院長在此次空難事件中，指派交通部長為中央災害應變中心指揮官，統籌整體救災進度、整合航空業者與相關部會，並與地方災害應變中心指揮官、現場指揮官配合，構成良好救災機制。中央災害應變中心指揮官交通部長具備調派國軍、空勤、消防署、海巡署，交通部所屬資源支援，以及指揮陸委會聯繫兩岸的權責」。
孫立群強調，中央災害應變中心與台北市政府應變中心隨時保持密切聯繫，並每日以視訊會議同步連線，即時瞭解地方救災情形，掌握最新資訊，提供救災支援。
截至8日為止，中央投入搜救動員能量共計1,574人次、250輛車輛、106艘船艇、75具潛水設備、27架次直升機及5部金屬探測器。中央災害應變中心並指揮交通部調度700噸及400噸大型吊掛機具、國防部出動照明設備、M3浮橋車、沐浴車及提供乾式防寒衣。法務部檢察署二十四小時輪值確認罹難者身分，40名死者死亡證明均已發放，移民署也緊急完成相關陸籍人士入臺許可證150張，交通部民航局並設置網頁專區提供遺產繼承、稅務、法律常識、心理輔導等資訊，以利傷者及家屬運用。