為協助產業因應全球自由化浪潮，經濟部成立產業升級轉型服務團，並針對金門、澎湖、馬祖及蘭嶼、綠島等成立離島分團。
經濟部工業局以馬祖為例，食品所以馬祖紅糟及高粱酒發酵食品產業鏈為主軸，籌組馬祖產業研發聯盟，應用現代化菌種篩選、發酵及產品開發等技術，輔導「馬祖老酒及紅糟」與「馬祖高粱酒」等馬祖傳統特色發酵食品業者。
其中，食品所由建立紅麴、白麴等發酵食品上游菌?生產技術開始，逐步擴及下游產品開發及與異業結合，近年來陸續完成紅糟醬、高粱酒糟醋飲、紅糟丁香魚、紅糟蛋捲、紅糟面膜等10件以上伴手禮產品，並開發馬祖老酒及紅糟面膜等DIY觀光體驗活動。
值得注意的是，目前紅糟相關產品已打入愛買量販店，以及點水樓、度小月等知名餐飲集團。
食品所表示，103年度持續輔導馬祖紅糟產品創新研發，利用馬祖紅糟防腐保鮮的功效，以及富含機能性成分的特性，開發低鈉紅糟豆腐乳。
根據工業局資料顯示，這項輔導產業創新轉型計畫，累計已促成馬祖業者研發投資超過1200萬元，創造產值超過2000萬元。