復興航空GE235班機為何在起飛2分鐘後就墜落基隆河，各界都懷疑是發動機有問題。
根據飛安會6日公布的2具黑盒子資料顯示，失事班機在起飛後於10時52分38秒，駕駛艙就警示2號發動機有問題，並發出警示給駕駛，但是組員隨即於5秒後提及將1號發動機油門收回，並於53分06秒時，再次提及收回1號發動機油門，此時2號發動機即熄火，等到53分20秒時，組員提及1號發動機已經順槳並斷油，之後2具發動機都失去動力，儘管組員嘗試重新啟動，但最終失敗，墜落基隆河。
飛安會執行長王興中表示，對於組員為何要這樣處置，還有待後續調查確認。他說：『(原音)所以2號發動機是右發動機，1號發動機是左發動機。所以現在是右發動機、2號發動機自動順漿，造成了一個警示給駕駛員，也顯示給駕駛員說，2號發動機有問題。但是從其他的參數可以看到，被收回來的油門的是在1號發動機，就是左邊的發動機，然後最後被關斷。目前我們沒有看到針對1號有warning。我們現在不做任何解釋，我只能跟各位報告，這是我們看到的一個現象。』
目前飛安會已經集合了法國及加拿大等國內外專家共38人，針對失事原因進行調查，大陸方面則尚未有進一步訊息何時及何人將來台參與調查。