針對媒體報導指出，台北市副市長鄧家基今（6）日下午在台北市前進指揮所，語出驚人說「救災多發生幾次就見怪不怪了」，對此，鄧家基澄清表示，他記得他是在跟民航局副局長李萬里講說，「大家救災都通力合作，沒有關係，有人說我們不團結、不和諧，這種報導多了就見怪不怪了」。
鄧家基強調，他會談到救災都是經驗的累積沒錯，但針對意外災難，他不可能去提到所謂的見怪不怪的說法，真的可能傳聞有誤會，擔心這樣的報導會引發不好效應，希望能盡速釐清此事。
至於所謂的「不會開飛機，經常搞飛機」！鄧家基表示，他在跟李萬里打招呼時，因為李萬里提到他是開飛機出身，他回應說他不會開飛機但搞過飛機，這樣的說法，也絕無惡意，若造成誤會，他感到非常抱歉。
鄧家基指出，他在意外發生第一天的第一時間就趕到現場坐鎮指揮全力救災，希望可以盡快找出失蹤的旅客，也在現場指揮待到晚上十二點半。昨天和今天也都前往現場關心，鄧家基強調他非常關心救援進度，希望大家同心協力讓一切都圓滿完成。