台北市長柯文哲籌組的廉政委員會，大張旗鼓地清查市府的大型BOT案是否有弊端，但除了部分廉政委員本身遭到外界質疑，甚至還爆發內訌，國民黨台北市議員王鴻薇表示，被稱為是「黑機關」的市府廉政委員，權力非常大卻沒有法律授權，甚至完全不受到任何的監督，這是很可怕的事情。
王鴻薇2日在TVBS「少康戰情室」節目上表示，現在的市府廉政委員會中有些人是具有選舉經驗，有些人則是馬上要投入選舉的，有些人更是以「消滅國民黨」為職志，但現在的廉政委員卻有個很大的問題，所有政府的相關機關都是法定給予權力的，但現在的廉政委員權力非常大，卻沒有法律授權，被稱為是「黑機關」，他們並沒有法定的任何權力。
王鴻薇進一步指出，現在連民選出來的市議員想向市府調閱很多資料都調不到，身為民意監督機構的市議會調不到資料，但廉政委員卻可以碰觸到很多機密資料，可以把官員叫過來約詢，甚至還可以要求官員配合去會勘，但是他們卻可能完全不受到任何的監督，這樣合理嗎？
此外，現在的廉政委員會成員，他們個人的發言，不管是在內部、或透過臉書、或上電視，如果有人因為政治企圖，拿到了10頁的資料，就刻意斷章取義對外透露，豈不天下大亂？還要查什麼弊案？王鴻薇強調，這個柯文哲經由各種管道納進來組成的廉政委員會，應該是要被監督的，國民黨議會黨團將會研擬提案，也希望民進黨議會黨團能一同配合。