中國大陸對台新聞網站「台海網」和中共機關報人民日報旗下環球時報今天都發表評論，前者說雙城論壇停辦的可能性越來越大；後者除了建議考慮停辦雙城論壇，還說如果大陸抵制2017年台北主辦的世界大學運動會，柯文哲將有很大失分。
上海台灣研究所常務副所長倪永杰表示，柯文哲說不了解「九二共識」是不誠實的說法，他的內心獨白就是「兩國」，與前總統李登輝和陳水扁的「兩國論」契合。
他說，柯文哲公開說「兩國一制」，對兩岸關係、對民主進步黨轉型都帶來負面影響。
倪永杰表示，大陸不能接受兩個國的城市交流。他研判，繼續舉辦雙城論壇的可行性不大。
倪永杰還說，如果2016年、2017年的活動，柯文哲還指望大陸支持，「那就太天真了」。他指出，柯文哲要怎麼玩就自己玩，以後不要再怪罪到大陸打壓。
上海市長楊雄曾於1月29日上海兩會（人大、政協）閉幕中外記者會上，回答媒體提問時表示，上海市與台北市已連續5屆舉辦雙城論壇，在「九二共識」的基礎上，願意繼續交流。
楊雄說，上海和台灣有很多的交流和合作，願在「九二共識」的基礎上，持續促進兩岸交流。
美國外交政策雜誌（Foreign Policy）網路版在美國時間29日發表柯文哲專訪內容，其中在談到柯文哲搭乘台北捷運的照片在中國大陸廣泛流傳時，柯文哲說，「也許我們該應該討論『兩國一制』，我們應試圖縮短差距」。