有媒體報導指健保署僭越健保法母法，將大陸人士各類入出境許可證都擴張認定為「居留」證明，等於放寬健保投保資格，不但已經有6萬3千多人因此得利，其中150多人還是大陸籍專業人士，收入優渥，卻由政府負擔4成健保費，造成資源浪費。
對此，健保署澄清，強調是基於健保法母法授權訂定加保對象，並未擴張解釋。承保組科長盧麗玉說：『(原音)這一群人大部分都是大陸配偶。就是說他們可能來台設籍之前，依照兩岸關係條例發給他的台灣地區入出境許可證，然後來台，然後他取得這個證件，居留滿6個月，那我們可以讓他加保。』
盧麗玉指出，這6萬3千多名納保的大陸人士中，大陸配偶約有6萬1千人，占9成7；本國籍民眾的大陸籍子女則約有1,000多人，兩者合計占了9成9，依法納保是基於人道關懷，也是解決台灣配偶的負擔。
健保署表示，目前外界比較有爭議的是以學術、科技專業身分來台的大陸人士，約有156人，因為他們不是雇主、也不是受雇者，加保身分屬於第六類，健保費由政府負擔4成，因而引發公平性的質疑，這部分未來是否改為全額自付保費，則有待討論。