由陽明、中央、清華、交通4所大學2003年合組的「台灣聯合大學系統」(以下簡稱台聯大系統)一直爭議不斷，先是曾志朗、劉兆漢、吳妍華三名學者輪流出任總校長引發爭議，現在又因現任總校長曾志朗要求陽明大學配給宿舍，還有搶要交通大學特聘講座名額，再度引發爭議。台聯大系統高層還批曾志朗「學閥」。
曾志朗曾任台聯大系統第二任總校長，因擔任行政院政務委員而改由吳妍華接任，直到2012年又再回鍋，於是遭外界批評曾志朗、劉兆漢、吳妍華3名學者輪流出任輪流接任總校長，因而引發爭議。
這次曾志朗再回鍋又被爆料，要求陽明大學配給宿舍，還有搶要交大特聘講座名額。台聯大系統總校長雖然號稱無給職，但有配車和司機，而曾志朗又要求陽明大學配給宿舍，加上自2月起又被聘為交大生物科技系特聘講座，被台聯大系統高層批，「學閥發威，在台聯大系統裡作威作福」。
對此，曾志朗表示，宿舍是請陽明大學以台聯大系統總校長名義幫他找的，「但我都有付租金」，只是金額多少就不清楚了，交由秘書處理。至於擔任交大特聘講座一事，並非交大校方支薪，而是由交大校友會撥錢支付薪資的。